Esta es la primera zona en la selva donde se estableció un virreinato español

Durante la época de las conquistas y asentamienos de los virreinatos de España, en el nuevo mundo, podemos decir que sabemos mucho sobre esto en el Imperio Mexica así como parte del norte del mismo territorio... como buena parte de los antiguos territorios mayas y precolombinos de Yucatán, así como inclusive, los territorios de la actual Centroamérica y alguna parte del sur. Al menos en nuestros lares, centroamericános... lo cierto es que la conquista fue más allá por ejemplo en suramérica, donde la historia va más allá. En el Perú, la selva se extiende como ninguna otra selva, solo equiparable al Amazonas, pero más cerca del Ecuador. Por tanto dichos bosques esconden estas historias, donde los españoles pasaron alguna vez y dejaron una huella. En esta selva peruana azota un calor abrazador y una humedad que no hacen más que acrecentar la misma. Esta interacción habrían percibido los primeros europeos al explorarla, los europeos escasa vez estaban acostumbrados a las selvas solo los exploradores más experimentados y viejos, podrían conocerlas. Fue en el siglo XVI cuando los primeros descubrieron la selva a la cabeza de don Francisco Pizarro, quienes realizaron, sus primeras incursiones en la costa del Perú. Antes de llegar hasta este punto pasaron por: Panamá, Colombia, y El Ecuador.

Pero antes de toda expedición hay que mostrar, las primeras encomiendas dadas a Pizarro, donde de sus primeros años en América se sabe muy poco. Probablemente pasó un tiempo en la isla de La Española. En 1509, se sabe, una expedición liderada por Martín Fernández de Enciso, bachiller y alcalde mayor de Nueva Andalucía, partió para socorrer al gobernador Alonso de Ojeda. Ojeda, junto con 70 hombres, había fundado el poblado de San Sebastián de Urabá en Nueva Andalucía, en la región donde más tarde se fundaría la ciudad de Cartagena de Indias (actual Colombia). Sin embargo, el área estaba habitada por indígenas belicosos que usaban armas venenosas, y Ojeda resultó herido en una pierna durante un enfrentamiento. Así debido a su herida Ojeda se retiró en un barco hacia La Española, dejando a Francisco Pizarro a cargo del pequeño asentamiento. En ese momento, Pizarro no era más que un soldado, esperando la llegada de la expedición de Enciso. Ojeda le pidió que se mantuviera en el poblado con unos pocos hombres durante cincuenta días, o que, si no era posible, hiciera todo lo necesario para regresar a La Española (actual República Dominicana y Haití). Pizarro, un hombre de carácter fuerte y poco interesado en una vida sedentaria, se mantuvo en la región y participó en la expedición de Ojeda que exploró América Central y Colombia en 1510. Posteriormente, se unió a la expedición de Vasco Núñez de Balboa, que en 1513 culminó con el descubrimiento del Mar del Sur, conocido más tarde como el océano Pacífico. Al año siguiente, Pedro Arias Dávila se convirtió en el nuevo gobernador de Castilla de Oro y sucedió a Balboa. Durante los siguientes cinco años, Pizarro se convirtió en un estrecho colaborador de Dávila y el gobernador le asignó un repartimiento de indígenas y ganado. Sin embargo, cuando Dávila empezó a desconfiar de Balboa y decidió eliminarlo, ordenó a Pizarro que lo arrestara y lo llevara a juicio. Pizarro cumplió con la orden, y Balboa fue decapitado en enero de 1519. Por su lealtad a Dávila, Pizarro fue recompensado con los cargos de alcalde y encomendero de Panamá desde 1519 hasta 1523. No obstante, hay discrepancias sobre el estado de la fortuna de Pizarro durante su estancia en Panamá. "Este es el único cronista que asegura que la situación económica de Pizarro y Almagro era holgada. Quintana y Mendiburu, que mucho averiguaron sobre la vida de los conquistadores, aseguran que Pizarro era uno de los moradores de Panamá menos acaudalados, y cuando llegó el caso de la famosa contrata para descubrir el Perú, ambos socios no pudieron poner otra cosa que su industria personal y su experiencia", habría afirmado sobre el explorador más tarde el catedrático peruano e historiador Horacio Urteaga López.

Pizarro tomando posesión del Pacífico en nombre de los reyes de España, pintura de Ignacio Merino (1850) Los españoles se adentraron al interior del Perú, y tras de sí se desencadenaron eventos que cambiaron el curso de la historia para siempre. Uno de ellos, por mencionar alguno, fue la toma de Cajamarca en 1532 y la captura del Inca Atahualpa en el lugar. Hecho sin precedentes y que virtualmente llevó a la caída del Imperio inca. Representación de los presuntos indios belicosos avistados por los españoles en Cartagena de Indias.

Tras de todas las anécdotas, hallazgos, conquistas de los españoles en esta zona, se asentaron en una localidad que se llamó Moyobamba. En esta se llevó a cabo la incursión de los españoles hacia los pueblos de la selva. Desde luego representaba un gran reto, pues estas sí eran selvas espesas. Según se dice, que hubo al menos tres expediciones a la selva registradas, las cuales fueron lideradas por Alonso de Mercadillo, Alonso de Alvarado y Gómez Arias Dávila. En el caso de Moyabamba, el capitán Alonso de Alvarado, dirigió una expedición desde Trujillo, hasta Chachapoyas, para de allí fundarla. De acuerdo a las crónicas, esta expedición para fundar dicho asentamiento fue líderado por Alonso de Alvarado y custodiado por 13 soldados bien armados, para asegurar la localidad, en el que iba también Juan Pérez de Guevara. Sin embargo la selva era un enigma para los conquistadores pues no conocían mucho sino costas. Así la expedición falló, retornando a Chachapoyas, y dejando la fundación al soldado Juan Pérez de Guevara. Durante la colonia fue un punto de convergencia y paso forzoso hacia Quito, fue llamada entonces la metrópoli de Maynas y se convirtió en la base de las misiones colonizadoras de la selva peruana. Sobre el personaje histórico el Inca Garcilaso de la Vega escribió alguna vez "Llevaron muy lúcida banda de gente, pasaron grandísimos trabajos hasta llegar al Río de la Plata, quizá adelante haremos mención de ello. A Gonzalo de Monroy envió el reino de Chili en socorro al Capitán y Gobernador Pedro de Valdivia, que andaba conquistando las provincias y naciones de aquel reino. A otra provincia, llamada Mullupampa, envió al Capitán Juan Peréz de Guevara que la conquistase, que poco antes la había descubierto él mismo". Con lo cual se crea una disonancia en cuanto a la información por lo que se discute actualmente si fue el capitán, o bien algunos dicen, Alonso de Alvarado quien la descubrió y no se entendió bien las crónicas o hay algún tipo de ruido en la información, como incertezas, o bien malos entendidos. En cualquier caso, para 1746 la población de Moyobamba ya estaba bien establecida pero fue reubicada 4 km al este desde un sitio llamado Ocsapampa debido a los daños causados por un terremoto. Moyobamba es conocida por albergar en sus afueras una gran variedad de orquídeas nativas, como Phragmipedium peruvianum.

A fines del siglo XVIII la población del área de Moyobamba era predominantemente de origenes directos europeos, a pesar de la resistencia activa del grupo étnico Mayoruna, quienes llevaron a cabo una gran masacre de vecinos españoles en el 1781.